既出であれば申し訳ないです。
ライブラリの｢IE操作（全て閉じる）｣を利用するとタスクキルをしてしまうため
次回のIE起動時にポップアップが表示されます。

コピペではありますが、下記のスクリプトはタスクキルではない方法でIEをすべて閉じることができます。
もしポップアップが邪魔だなぁ～と思う方は利用してみてください。

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Option Explicit

Dim lVal
Dim oWinS
Dim objShell
Dim objWindowsShell

Set objShell = CreateObject("Shell.Application")
Set objWindowsShell = objShell.Windows()

Dim a
Dim i
ReDim a(0)
For Each oWinS In objWindowsShell
    If InStr(LCase(oWinS.FullName), "iexplore.exe") > 0 Then
        i = i + 1
        ReDim Preserve a(i)
        Set a(i) = oWinS
    End If
Next
For i = 1 To UBound(a)
    a(i).Quit
Next

Set oWinS = Nothing
Set objShell = Nothing
Set objWindowsShell = Nothing
WScript.Quit
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