エミュレーションモードについて、定型処理を行う際、インプットするファイル名によってウィンドウ識別名が変わってしまう場合、「（スクリーン）」を指定するしかないのでしょうか？

「（スクリーン）」を指定した場合、アクティブウィンドウが安定しないことがあり時々意図した挙動をしないことがあるので、ほかに安定する方法があったら知りたいです！