データ一覧機能を利用して、ExcelデータをもとにIEベースのシステムからデータを抽出するシナリオを組んでいます。

99%は順調に動くのですが、1%くらいの割合で
IEの保存ダイアログではなくExcelをつかんでしまい、Excelに対してエミュレーションが発動してしまいます。
（ALT+N,（CTRL+)Vの結果としてExcelにピボットテーブルが挿入されます）

ウィンドウ識別の初期化やExcelウィンドウの対比（位置、最小化）などのおまじないをしてみましたが
再発してしまいます。

同様の現象が起きた方や対処方法に心当たりがありましたら教えてください。